他就这样被逐出的阿姆斯特丹，不久后，事情渐渐平息了，他又得以返回。并且住到了1660年。此时他开始以磨制镜片维持生活。而且私下里给别人讲授哲学，渐渐地，他有了一批忠实的朋友与学生，这其中也包括一些富有的人。这段时间他具体地经历了哪些事，今天的人们很少知道。他写成了《形而上学思想》及《神、人及其幸福简论》。从被逐出的阿姆斯特丹到这时，他的生活和个人思想都在经历着风暴，他思索着他的哲学以及从哲学角度看待的人生，当写下《神、人及其幸福简论》时，他的思想体系已经渐趋成熟，他的内心从此开始宁静。1661年，在《知性改进论》中他写下这一段文字：“当我受到经验的教训之后,才深悟得日常生活中习见的一切东西，都是虚幻的、无谓的。……因为那些在生活中最常见，并且由人们的行为所表明，被当作是最高幸福的东西，归纳起来，大约不外三项：财富、荣誉和感官快乐。萦扰着人们的心灵，使人们不能想到别的幸福，就是这三件东西。……现在我既然见到，所有这些东西实在是寻求别的新生活目标的障碍，而且不仅是障碍，实在是和它正相反对，势不两立，二者必去其一，……我彻底下决心，放弃迷乱人心的财富、荣誉、肉体快乐这三种东西，则我所放弃的必定是真正的恶，而我所得到的必定是真正的善。”斯宾诺莎的内心已经宁静，终于，在这一年，也就是1661年，他摒弃了嘈杂的商业城市阿姆斯特丹。

他在这样的情况下来到了莱因斯堡，因为那里是一个美丽、安静而又古雅的村庄。他在那里住到了1663年。莱因斯堡距离著名的莱顿大学只有六七公里，在这里住着这样一位哲学家不会不引起莱顿大学那些教授与学生们的注意，因此斯宾诺莎所住的那所小房子（现在已经是斯宾诺莎博物馆）成了许多教授们经常光顾的地方。同时又有一些社会名流开始与斯宾诺莎接触并且保持了良好的关系，其中特别值得一提的是不来梅人享利·奥尔登堡（Herry Oldenburg），他是一位经常往返于欧洲大陆与英国之间的外交官。而且经常与当时一些知名学者保持着联系。为斯宾诺莎带来当时欧洲最新的科学信息，也为世界带来斯宾诺莎的哲学思想。奥尔登堡与斯宾诺莎之间的通信是现在研究斯宾诺莎思想的重要文献。莱因斯堡的时光，斯宾诺莎开始撰写他最重要的几本哲学著作，比如《知性改进论》，这本书他直到死时还没有写完。这本书在哲学史上的地位可以与弗兰西斯科·培根的《新工具》、笛卡尔的《方法谈》相提并论。但是在个人品德，斯宾诺莎远远胜过他们两位，特别是作为政客的弗兰西斯科·培根。他的《笛卡尔哲学原理》也是在莱因斯堡写成的。在这里，他抛弃了笛卡尔的二元论，走出了与笛卡尔不同的路，在他这里，自然即是神。欧洲哲学的自然神论，自此由他开始了。他最重要的哲学著作《伦理学》，也是于这段时间开始撰写的。

斯宾诺莎在莱因斯堡只住了三年，也许是因为他的朋友越来越多，使他的工作受到了影响，他决定搬去海牙附近的伏尔堡。他还一度去了阿姆斯特丹看望旧时的朋友们，并且把《笛卡尔哲学原理》与《形而上学思想》合并出版。这是斯宾诺莎生前唯一用自己真名出版过的著作。此书一出，立刻获得了当时欧洲学术界的赞扬。这是斯宾诺莎一生中声誉最佳的时候。他的才学因此得到了世人的肯定，同时他也因此结交了当时一些显赫大人物，如科学家惠更斯、阿姆斯特丹市长约翰·哈得以及荷兰州州长德·韦特等人。后两者都曾给予斯宾诺莎巨大的包括经济上的资助。斯宾诺莎最早的传记作家柯勒鲁斯（Colerus，十七世纪末十八世纪初人，他的《斯宾诺莎传》出版于1705年）说：“如果他当时就此止步的话，或许到今天还能够保持一个聪明的学识渊博的哲学家应得的声誉。”